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【教学科研】森林保护专业方馨玫博士解析核桃枝枯病新病原基因图谱

来源: 2020-09-21 10:04:27

森保专业方馨玫博士在国际期刊《GENOMICS》上发表题为Whole genome sequence of Diaporthe capsici, a new pathogen of walnut blight”的研究论文2020-09Phomopsis capsiciDiaporthe capsici是一种全球性植物病原菌,主要引起茄科植物病害,在木本植物上危害较少。朱天辉团队四川广元、普格、南江、平昌、盐源核桃产业基地分离鉴定出核桃茎干病害新病原,该病原(P. capsici可造成植株大量死亡,在国内外上尚未报道,其全基因组序列未被解析,基因功能编码不清楚,代谢途径也不明了。

本论文通过PacBio RS II测序平台,获得Phomopsis capsici 高质量reads 557399contig20个,最大组装长度8744971bpN50contig长度为5164495bp,组装后的样品GC含量为51.26%。预测到14425个编码基因,这些基因分别注释到了KEGGKOGNRPfamSwiss-Prot等数据库中。目前在NCBIGenbank数据库中还没有P. capsici基因组信息,本次研究是P. capsici第一次基因组规模组装和注释,也是拟茎点霉属Phomopsis和间座壳属Diaporthe的第六个测序物种。

GENOMICS2019年影响因子为6.205。该论文以拉斯维加斯网站为第一和通讯单位,森保专业研究生方馨玫、秦楷为共同第一作者,朱天辉为通讯作者,该研究得到国家自然科学基金青年基金项目、中国博士后基金、四川省科技厅基础应用研究项目资助。方馨玫博士近两年以第一作者发表SCI研究论文 4 篇,累计影响因子17.6

 

全文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754319310377

 



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